终末之谷一战后已经过去了三年。几次混战之后，木叶忍者消灭了“晓”的大部分成员。同时鼬和佐助的真相，相继浮出水面。
而就在这时，一个新的名字出现了。
冬鲤寺葵。
这个曾经加入名为“神”组织的少女，带来了神、天变和祭品等等一系列的消息。
晓组织、大蛇丸和木叶众人联手，准备消灭这个危险的组织，于萌芽之中…
但是这三方势力没有想到的是，正是他们自己，将这个世界本来的神灵，带入了战场…
那是所有人都无法忘记的一战，血腥而又铭刻在众人的记忆中。
后世称那次无法忘却的惨案，为“神战”。
神战之后，受到重创的鸣人通过纲手的特殊医疗技术进入了深度睡眠状态，而这一睡，就是整整十年…